Struktur Organisasi Fakultas Ilmu Kesehatan Universitas Islam Jember terdiri dari : Unsur Pimpinan (Dekan dan Wakil Dekan), Senat Fakultas dan Ketua Program Studi D3 Kebidanan yang didukung oleh Kepala Laboratorium Kebidanan, dan kelompok dosen. Dukungan layanan administrasi dibentuk Bagian Tata Usaha yang membawahi Subbag Administrasi Umum dan Perlengkapan, Subbag Administrasi Akademik dan Kemahasiswaan.
Struktur organisasi diatas menggambarkan kepemimpinan Fakultas Ilmu Kesehatan Universitas Islam Jember yang bersifat hirarkhis, kolektif dan menunjukkan adanya pembagian tugas yang jelas serta konsisten dalam setiap bagian